Тождество противоположностей субъекта и объекта Шеллинг (1775—1854) делает исходным пунктом своего учения. При этом он применяет принцип развития, разработанный Фихте по отношению к субъекту и его деятельности, также и к анализу природы. Критикуя Фихте за то, что природа у него рассматривается как голый материал для субъекта, Шеллинг в первый период своего творчества концентрирует свое внимание на проблемах натурфилософии. Задачу последней он видит в том, чтобы раскрыть последовательные стадии развития природы от низших форм к высшим. Природа при этом толкуется как проявление бессознательной жизни разума, который как бы проходит целый ряд этапов от низших — неорганической природы — до высших, органических, и находит свое завершение в появлении сознания. Проблема соотношения бессознательных и сознательных форм жизни разума, поставленная уже Фихте, приобретает у Шеллинга первостепенное значение.
Шеллинг пытается обнаружить параллелизм, существующий между различными уровнями развития природы (механическими, химическими, биологическими законами), с одной стороны, и ступенями развития человеческого сознания, с другой. При этом наряду с интересными наблюдениями и остроумными догадками нередко появляются произвольные аналогии и даже фантастические построения, за которые нередко критиковали натурфилософию Шеллинга современные ему естествоиспытатели.
Перенося на природу те закономерности развития, которые были открыты Фихте при исследовании субъекта, «абсолютного Я», Шеллинг предпринимает построение диалектической картины развития природных процессов и форм. Природное тело понимается им как продукт взаимодействия противоположно направленных сил — положительных и отрицательных зарядов электричества, положительных и отрицательных полюсов магнита и т. д. Непосредственным толчком для построений Шеллинга были новые открытия в физике, химии и биологии, и прежде всего теория электричества, быстро развивавшаяся с середины XVIII века. Кулон создал теорию положительной и отрицательной электрических жидкостей; изучалось соотношение электрической и магнитной полярности, а также соотношение химических и электрических взаимодействий. Благодаря открытию Гальвани «животного электричества» возникла возможность установления связи между неорганической и органической природой.
Опираясь на эти открытия, Шеллинг выступил с критикой механицизма в естествознании, стремясь показать, что вся природа в целом может быть объяснена с помощью принципа целесообразности, лежащего в основе жизни. Все неорганические процессы он пытался понять как предпосылки развития организма. В натурфилософии Шеллинга была возрождена неоплатоническая идея мировой души, проникающей собою все космические стихии и обеспечивающей единство и целостность природного бытия, всеобщую связь природных явлений.
Однако в отличие от неоплатонизма Шеллинг развивает динамическое воззрение на природу. Сущность природы рассматривается им как противоборство полярных сил, образцом которого является магнит. В каждом явлении природы Шеллинг видит продукт борьбы разнонаправленных сил; эта борьба составляет структуру всего живого.
В учении Шеллинга преодолевается характерное для трансцендентального идеализма Канта, а в определенной мере и Фихте противопоставление мира природы как феноменального и мира свободы как умопостигаемого. Обе сферы рассматриваются Шеллингом как развивающиеся из единого начала, представляющего собой абсолютное тождество субъекта и объекта, точку «безразличия» обоих. Абсолютный субъект Фихте, никогда не утрачивавший связи с индивидуальным сознанием, превращается у Шеллинга в божественное начало мира, сближаясь со спинозовской субстанцией. Философия природы и философия тождества Шеллинга — это объективный идеализм, главная задача которого состояла в том, чтобы показать, как из единого первоначала, которое есть ни субъект, ни объект, рождается все многообразие универсума. Возникновение многого из единого — проблема, с попыткой решения которой связано возникновение древнегреческой диалектики. Однако представители немецкого классического идеализма, особенно Шеллинг и Гегель, разрабатывают диалектический метод, опираясь не столько на античные образцы, сколько на те принципы, которые были выдвинуты в эпоху Возрождения в учениях Николая Кузанского и Джордано Бруно.
Шеллинг и Гегель по-разному подошли к решению вопроса о возникновении многообразия из первоначального единства — тождества субъективного и объективного. Шеллинг рассматривал такое возникновение как некий «творческий акт», который, будучи непознаваем для разума, является предметом особого рода нерационального постижения — интеллектуальной интуиции, представляющей собой единство сознательной и бессознательной деятельности. Поскольку интуиция такого рода есть, по Шеллингу, достояние немногих одаренных натур, постольку философия, как и искусство, есть удел гениев, способных проникать туда, куда не могут достигнуть умы обычных смертных. С точки зрения Шеллинга, искусство, а не наука, как полагали прежде, есть органон философии. Здесь Шеллинг разделяет позицию немецких романтиков, тоже сближавших философское творчество с творчеством художника.
